Академия — это место, где собираются потенциальные шиноби, которых фактически не считают ниндзя, пока те не дипломируются из школы. Ученики академии выдерживают теоретические и практические тесты всех типов, где изучаются основные навыки ниндзя: военное искусство, дзюцу, физическая выносливость и стиль жизни шиноби. Обычно им преподаётся использование основного оружия, такого как кунаи и сюрикены. Также преподаются различные элементарные техники, меняющиеся от деревни к деревне. Конечный экзамен академии меняется от школы к школе, в Конохе он состоит из своего рода письменного теста и демонстрации фундаментальных техник. После получения диплома выпускники получают налобную повязку с металлической пластинкой, на которой изображен символ их селения. Некоторые, впрочем, носят её не на лбу, а, например, на руке или поясе. Кроме того, некоторые селения применяют дополнительный выпускной экзамен, который устраивает каждый джонин своей команде из трёх учеников, чтобы проверить, действительно ли они готовы стать настоящими ниндзя и работать в команде. Таким образом гарантируется, что только поистине квалифицированные ниндзя получают звание генина. Эти экзамены разнятся в зависимости от учителя, который их проводит.

На этом уровне присутствует наибольшее неравенство силы между входящими в него ниндзя. Генин входит в группу из четырёх человек, состоящую из трёх учеников и с целью набора опыта и повышения собственных навыков. Формирование группы базируется на индивидуальных качествах ниндзя так, чтобы уравновесить силы разных команд. При достижении данного звания, ниндзя начинает вносить свою лепту в экономику родного селения, получая за выполнение заданий небольшую плату. Генины обычно посылаются на миссии сложности D, которые являются самыми простыми и почти всегда подразумевают задания, лишённые риска, основанные на ручной работе; или же, очень редко, на миссии сложности C, которые слегка напоминают действительную «работу ниндзя» и имеют очень низкий риск для исполнителей. Как правило генины очень быстро становятся чунинами за редким исключением (либо нукенины, либо неучастие в экзаменах).

В его обязанности входит руководство и наблюдение за небольшими группами других ниндзя. Шиноби этого разряда достигли уровня зрелости, которая, прежде всего, состоит из навыков лидерства и тактического мастерства. Некоторые из них исполняют функции преподавателя; а другие служат руководителями групп, отвечая за небольшие команды. Они должны с максимальной эффективностью принимать решения и использовать навыки ниндзя, находящихся под их командованием. После достижения уровня чуунина, шиноби может носить опознавательный боевой жилет, в котором хранятся ниндзюцу-свитки. Чуунина обычно посылают на миссии сложности C или B.
Чтобы достигнуть уровня чуунина, генин вместе со своей командой должен принять участие в крупном экзамене («Экзамене на звание чуунина»), который проходит дважды в год из-за растущего числа шиноби в деревнях. В прошлом каждая деревня проводила свой собственный экзамен, но после Третьей мировой войны Ниндзя, союзнические страны согласовались проводить его лишь в одном избранном селении, таким образом улучшая и укрепляя свои отношения. Другое преимущество состоит в том, что ниндзя, принимающий участие в этом мероприятии, привлекает клиентов, которые могут заинтересоваться его наймом. Экзамен на звание чуунина — это испытание не только силы, но и способностей собирать информацию, выживать в трудных условиях и соблюдать руководящие указания. Тех, кто имеют все эти качества, распределяют по парам для проведения турнирных поединков, за которыми наблюдают судьи, принимающие решение кого продвинуть в звании, а кто этого не заслуживает. Победитель дуэли имеет право перейти к следующему сражению, но главную роль при вынесении решения жюри играет не победа, а действия шиноби во время поединков. Таким образом, любой, кто доходит к третьей стадии Экзамена, даже принявший участие всего в одном поединке, имеет шанс стать чуунином, даже если он фактически проиграв бой. При этом победа в финале не гарантирует присвоения степени чуунина.

Чаще всего это высококвалифицированный ниндзя со значительными индивидуальными навыками, который исполняет функции военного капитана. Их часто посылают на миссии уровня А, а более опытным джонинам могут даже доверить миссии уровня S (наивысшей сложности), которые они могут доводить до конца в одиночку. Иногда джанину вверяют команду из трёх генинов для их более углубленного обучения. Большинство ниндзя этого уровня в состоянии использовать минимум два типа стихий, разные техники гендзюцу и владеть тайдзюцу.

Ими являются ниндзя с уровнем и способностями джонина, но которых подготавливают лишь в одной определённой отрасли военной науки. Это элитные специалисты, находящиеся в группах под командованием обычного джонина или возглавляющие отряды, которым вверяют задания одного, характерного рода.

Те, кто получили звание каге, становятся главой одного из пяти сильнейших селений — это элита селений, опытнейшие шиноби, чья сила колоссальна, а мудрость не имеет границ. Несмотря на это, со временем они могут частично потерять свою былую мощь и быть превзойдены другими более молодыми ниндзя. Положение каге находится наравне с правителем его страны, основными задачами которого являются надзор за деятельностью своих деревень и лидерство над обществом-ниндзя. Каге может уйти и оставить свой титул кому-нибудь другому, в противном случае ниндзя остаётся на этой должности до конца своих дней. Это создает ситуацию, когда в один и тот же отрезок времени имеются два каге, из которых фактически лишь один исполняет обязанности правителя. Со временем появилась тенденция присуждать титул людям, которые имеют родственные связи или те, кто был учеником/учителем предыдущих каге. Большинство каге — это ниндзя уровня S.
Титулы пятерых Кагэ изменяются в зависимости от селения к которому они относятся:
Хокаге: глава Конохи.
Мизукаге: глава Кири.
Цутикаге: глава Ивы.
Райкаге: глава Кимо.
Казекаге: глава Суны.

Ниндзя уровня S намного сильнее обыкновенного Джонин. S-уровень не относится к обычным званиям, официально таких ниндзя называют джонинами, они могут относиться даже к ещё более низким званиям или же вообще не иметь никакого. Преданность шиноби этого ранга заключается в том, чтобы быть частью собственного селения и проявлять к нему лояльность, даже не живя в нём. Часто ниндзя этого уровня решают покинуть своё селение, пускаясь на поиск своих амбиций, и становятся ниндзя-предателями. Также ниндзя этого класса часто фигурируют в книге «Бинго», списке врагов для убийства, который имеет каждая деревня для использования джонинами и членами команды АНБУ. Большинство шиноби, даже высшего уровня, избегают прямого столкновения с ниндзя уровня S. Ниндзя этого уровня значительно выделяются среди других и часто имеют прозвища, которые им дали их друзья или враги.

Спецназ, находящийся под прямым контролем каге. Члены AНБУ носят фарфоровые маски, имеющие форму животных, для того, чтобы выделяться среди других шиноби и оставаться неузнанными. Также они имеют стандартную униформу, состоящую из черной и серой брони, защитных пластинок для рук и татуировки в виде спирали на левом плече, кроме того, они носят с собой ниндзя-то, который обычно прикрепляется к спине. Некоторые из них на стандартные униформы надевают чёрные плащи с капюшонами, в то время как лидер команды может носить плащ белого цвета. Все члены АНБУ прекрасно разбираются в анатомии человеческого тела, на основе чего были придуманны различные мощные техники, например дзюцу, парализующее противника. Одно из возможных её подразделений — это Ниндзя преследователи, основная задача которого состоит прежде всего в поимке ниндзя-предателей, а затем в полном уничтожении их тел, таким образом избегая утечки в другие селения важной информации о типе чакры и различных анатомических признаках.

Специализируются в лечении, главным образом используя для этого медицинские дзюцу. Должность врача-ниндзя требует большого уровня знаний и превосходного контроля над чакрой, так как она используется при лечении различных повреждений. Кроме медицинского обучения они, для избежания вражеских атак, уделяют особое внимание изучению боевых навыков, состоящих главным образом из техник тайдзюцу и некоторых медицинских дзюцу. Главной причиной этому является то, что смерть санитара-ниндзя может привести к смерти всей команды. Обычно медики посылаются наряду с группой в опасные миссии, тем самым, увеличивая процент выживания той команды.
Для наиболее серьезных повреждений ниндзя-медик выполняет Живительную технику реанимации, которая использует частицы тела пострадавшего для регенерации клеток зоны повреждения. Дзюцу требует большого количества времени и концентрации, поэтому врачебный персонал, чтобы отдохнуть, периодически сменяется. Иногда врачебное дзюцу может применяться и как оружие.

Это те, кто покинул свою собственную деревню. За ними постоянно ведётся слежка из-за секретов, которые они хранят. Другие селения интересуются покупкой такой информации, потому, что это могло бы быть полезно для одержания победы в сражении или для заполучения уникального врождённого навыка определённого клана. Селения создают специальные подразделения Ниндзя-преследователей для предотвращения подобного развития событий, хотя маловероятно, что на каждого ниндзя-предателя имеется посланная за ним команда.